Как стало известно Sport24, Михаил Лысов, завершивший карьеру в возрасте 23 лет, стал помощником главного тренера 2005 года в академии «Локомотива». Футболисту пришлось принять такое решение после того, как у него вновь начались проблемы с сосудами, из-за которых он пропустил почти весь прошлый сезон.
Михаил Лысов является воспитанником «Локомотива». 18 июля 2017 года впервые дебютировал за первую команду. В 2016 году защитник вместе с молодежкой выиграл первенство России. В дебютном сезоне за основную команду Лысов провел 13 матчей в РПЛ и помог команде завоевать чемпионский титул. В 2019 году стал обладателем Кубка и Суперкубка России.
В том же году Лысов входил в команду U21 из самых дорогих российских талантов от Transfermarkt. Футболист оценивался в 1,2 млн евро.